共生總基因組：人類、動物、植物及其微生物區系

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譯者序
原書序
術語表

第1章 介紹：共生和共生總基因組概念 1
共生總基因組概念 1
歷史回顧 2
概念和定義 3
要點 5
參考文獻 6

第2章 原核生物和真核生物的起源 8
關於原始細胞起源的推測 8
原核生物和真核生物的起源 10
病毒的起源 12
多細胞生物體的起源 13
要點 15
參考文獻 16

第3章 微生物區系的豐度和多樣性 20
微生物區系的豐度 20
微生物區系的多樣性 21
無脊椎動物的微生物區系 23
脊椎動物的微生物區系 24
植物的微生物區系 26
影響微生物區系豐度和多樣性的因素 28
要點 30
參考文獻 30

第4章 微生物區系在共生總體上下代間的傳遞 36
無脊椎動物 38
脊椎動物 39
植物 41
微生物區系的傳遞和社會行為 42
傳遞和共生總體概念 43
要點 43
參考文獻 44

第5章 微生物區系是共生總體適應性的一部分 48
微生物區系防禦病原體 50
微生物區系為宿主提供營養 51
微生物區系影響動物和植物的發育 54
肥胖 57
微生物區系影響動物行為 58
細菌在交配偏好和物種形成中發揮作用 59
微生物區系與解毒 60
溫度適應 61
微生物區系溫暖它們的宿主 62
共生總體是一個獨特的生物實體 63
要點 63
參考文獻 64

第6章 共生總體的變異 70
達爾文學說與拉馬克學說 70
共生總體的變異模式 72
微生物的擴增 73
新共生體的獲得和“衛生假說” 75
基因水準轉移 76
獲得性遺傳（拉馬克學說） 78
要點 78
參考文獻 79

第7章 病毒是共生總體適應性和進化的一部分 83
共生總體中病毒的豐度和多樣性 83
病毒的傳遞 85
病毒是生物體適應性和進化的一部分 86
要點 89
參考文獻 90

第8章 共生總體的進化 94
介紹 94
進化的選擇水準和漂變 95
共生總體的隨機漂變和進化 97
合作和欺騙 98
合作的進化 100
共生總基因組和物種形成 103
複雜生物進化中的競爭與合作 105
要點 106
參考文獻 107

第9章 病原菌共生體 112
人類傳染性疾病 113
植物傳染性疾病 117
病毒病原體 119
細菌病原體進入非結瘤共生體的進化實驗 120
兔黏液瘤病：宿主-寄生物共進化的一個案例 121
人類微生物區系和非傳染性疾病 121
從進化角度考慮共生總體中病原體的作用 123
要點 125
參考文獻 126

第10章 益生元、益生菌、合生素和噬菌體治療 131
介紹 131
益生元：通過擴增自身菌群來改變共生總體 132
益生菌：通過攝取外來菌群來改變共生總體 133
合生素 135
噬菌體治療 136
要點 139
參考文獻 140

第11章 結語 146
概要 146
需要進一步分析微生物多樣性 146
共生總體中微生物區系的生理及其他功能 148
免疫系統與微生物共生體間的互作 148
微生物對人類、動物和植物共生體健康的貢獻 149
共生總體的變異和進化 150
生物學或微生物學教學 151
參考文獻 152